El Palacio de la Santa Inquisición, hoy de Medicina, fue diseñado por el arquitecto Pedro de Arrieta que inició los trabajos de construcción en 1732 concluyéndolos en 1736. Este edificio histórico se localiza en la Plaza de Santo Domingo una de las más armónicas y mejor conservadas del Centro Histórico de la Ciudad de México. Es precisamente su ubicación en este contexto urbano la que determinó el diseño del inmueble al contar con su acceso principal en una fachada en chaflán hacia la esquina noreste de la plaza. Por este motivo el patio interior que articula sus espacios tomó una de sus características más peculiares al eliminar las columnas en planta baja de las esquinas para evitar obstruir la vista al entrar al edificio utilizando un arco que semeja flotar sin requerir apoyo estructural, creando de esa manera una sensación al interior de amplitud y audacia, donde destacan sus sobrias arcadas y una escalinata neoclásica.
Al exterior la arquitectura del edificio presenta una combinación de piedra tezontle y cantera que fue ampliamente empleada en la ciudad durante la época colonial y que da a muchos de los edificios del Centro Histórico sus característicos matices rojos y ocres.
En esta época, el edificio de la Inquisición llevó el nombre de “la casa de la esquina chata”. Se decía: “se lo llevaron en la calesita verde” para indicar que alguien estaba en las cárceles del Santo Oficio. Todavía se conserva sobre la puerta que da al patio de las prisiones una inscripción latina: “Reinando Carlos IV y Luisa —dice la traducción al castellano de Artemio del Valle Arizpe— siendo inquisidor general de España el Excelentísimo señor don Ramón de Arce y de México los doctores Prado, Alfaro y Flores, esta cárcel que se hallaba casi arruinada se reparó y mejoró, habiendo quedado abierta por algún tiempo para que el público la reconociese: día 9 de diciembre del año del Señor MDCCCIII y el IV del Pontificado de Nuestro Santísimo Padre Pío VII”. El patio de los Naranjos era el de las prisiones, Éstas tenían, por lo general, 16 pasos de largo y 10 de ancho, dos puertas grosísimas, un agujero o ventana con rejas dobles por donde se les comunicaba la luz escasamente, y una tarima de azulejos para poner la cama. “La casa (de la Inquisición) —dice Orozco y Berra— se convirtió en prisión de Estado y el inolvidable Patio de los Naranjos, que mereció el renombre de Bastilla mexicana, dejó un recuerdo que muchos no olvidarán fácilmente: allí fue encerrado el doctor Servando Teresa de Mier por desafecto al Imperio en 1823 y allí se suicidó el desgraciado coronel Yáñez el 13 de julio de 1839”.
Las Cortes generales y extraordinarias que decretaron en España la abolición de la Inquisición sesionaron del 8 de diciembre de 1812 al 5 de febrero de 1813. El decreto que la extinguió, del 22 de febrero de 1813, se promulgó en México el 8 de junio siguiente; pero luego se restableció por espacio de siete años durante los cuales Fernando VII ejerció una política represiva. La Inquisición quedó definitivamente abolida en 1820.
Tras la abolición del Tribunal de la Inquisición y la Independencia de México, este edificio pasó por distintos dueños y usos hasta que en 1854 se estableció la Escuela de Medicina adaptando las antiguas celdas y salones en aulas para la impartición de diversas materias científicas relacionadas con la salud.
Recientemente se han concluido las labores de restauración del inmueble que nos permiten conocer las distintas celdas donde eran recluidos los presos políticos de la Iglesia Católica durante el virreinato, ahora convertidas en salas temáticas que nos muestran diversos aspectos de la evolución de las ciencias médicas en México.
